シグマ因子（σいんし）とは、真正細菌のDNA上で転写を開始する場所を決定するタンパク質。RNAポリメラーゼと結合し、プロモーター領域の特異的な配列を認識することで、どの遺伝子を読むかを決定する。通常生物はシグマ因子を多数持っており、環境に応じてその存在比率を変えることでその環境に適した遺伝子群の転写を保障している。大腸菌ではシグマ70,N,F,S,H,E,FecIの7種類が報告されている。