二次代謝（にじたいしゃ）とは、生物自身が生合成し、生物が生育・成長する上で必要不可欠ではない（と考えられていた）代謝経路、および低分子化合物のことであり、有名なものとして抗菌物質や色素などが挙げられる。二次代謝は様々な生物種が行っており、様々な生理活性を持つものがある。代表的な二次代謝産物として、テルペノイド系化合物、ポリケタイド系化合物、アルカロイド化合物などがある。